Veja Também: Rank Ninja
Chūnin (中忍; Literalmente significa "Ninja Médio"; Panini "Ninja Qualificado") são ninjas que são qualificados para orientar outros ninjas e liderar missões. Chūnin atingiram um nível de maturidade e habilidade, que consiste principalmente em habilidades de liderança e talento tático. Os genin que não têm as habilidades necessárias para se tornar chūnin são eliminados nos Exames Chūnin. Alguns deles, como Iruka Umino, Daikoku Funeno e Suzume passam a funcionar como professores da Academia e outros, como Shikamaru Nara, servindo como líder de equipes encarregado de equipes pequenas que precisam para tomar decisões e utilizar as habilidades dos shinobi sob seu comando para o efeito máximo. Os chūnin normalmente são enviados em missões de Rank-C ou Rank-B.
Para se tornar um chūnin, um genin participa de um exame geral, conhecido como os Exames Chūnin. Um dos exames vistos na série é um exame de três etapas realizadas em Konohagakure. Na OVA de Naruto, O Exame Chūnin das Chamas! Naruto vs. Konohamaru!!, Naruto e Konohamaru estavam participando dos Exames Chūnin realizados em Sunagakure. O arco Seguindo os Passos de Naruto: Os Caminhos dos Amigos se passa durante um exame chūnin cuja a primeira parte foi feita em Konohagakure e a segunda em Sunagakure. Aqueles que passam no teste e se tornaram chūnin são elegíveis para usar um colete de identificação que contém pergaminhos de ninjutsu. Este colete não é obrigatório, em vez disso, alguns optam por roupas mais elaboradas como capas e túnicas.